绿色税收制度是对污染行业和污染物的使用者加征税收，对投资于防治污染或环境保护领域的纳税人给予税收减免的一种税收制度。运用绿色税收制度对资源一环境进行保护，其本身的优势非常明显。一是可以从源头上防范各种环境污染和资源浪费的行为；二是能为国家保护资源和改善环境提供资金支持；三是能有效解决国际贸易中的绿色壁垒问题。但在现行绿色税收制度执行中还存在一些欠缺，主要表现在：

　　首先从体系来看，调节范围过窄。现行绿色税收制度体系中的税种设置大都没有以保护环境和可持续发展为初衷，这与当时开征时候的客观条件是分不开的，虽然政府在不断地增加相关的“绿色”条款，使得我国的税收制度体系已经初见“绿色”，但是体现在对环境保护的调节力度上，“绿色”还是没有完全到位。

　　其次，税种设置不合理。绿色税收制度体系中没有设立对污染环境、浪费资源行为或产品征收的专门性主体税种，税种分布比较分散零乱，这样就使整个税收制度体系难以起到主、辅税种相互配合的作用，也难以满足日益严峻的环境保护形势的需要。

　　第三、优惠措施存在缺陷。零星散落在税种中的优惠措施大多有时效性太强的问题，缺乏长期性、系统性、针对性和灵活性。并且这些优惠措施都是以直接减免为主，而加速折旧、投资抵免、延期纳税、出口免退税、即征即返、先征后退等间接的优惠措施却较少采用。

　　第四，未能形成有效的税收征管体系。目前尚未建立专门针对绿色税收的统一征管体系，绿色税收制度执行效率不高。同时，还未能充分调动环保部门和税务机关的积极性，未能在中央和地方之间建立起绿色税收收入合理分配的机制。第五，缺乏长效激励机制。现行绿色税收制度中绿色税种的排污收费制度并存。排污收费制度虽在一定程度上起到了环境保护的作用，但这种制度本身固有的局限性，使其不能保证将收入足额、有效地应用于环保事业，它与绿色税收并存，不但未能产生互相“补位”的效果，却反而因为各自的缺陷而产生了矛盾冲突，不利于建立适应绿色环保要求的约束与激励机制。

　　针对上述欠缺，笔者建议：

　　扩大资源税和消费税的征税范围，并适当提高税率。应尽快将土地、森林、地热、水、大气等可再生以及不可再生资源均纳入征税范围，同时制定详细的征税条例，从而保护资源，促进可持续利用。同时对高污染资源的使用以提高税率的方式加以限制，降低对生态环境的破坏。

　　对现有的关税、车船税等展开相应的调整与改革，优化绿色税收制度体系。比如，对于进口污染相对严重的产品以及仪器设备应提高所征收的关税，以降低对于该类产品的进一步引入以及使用。此外，对于开采木材、采集珍稀动植物的行业，应提高征收的税率，从而降低行业利润，减轻该类产业对于生态环境的高强度破坏。同时，应适当调整车船税的征收方式，对于使用新型燃料的汽车可以适当进行车船税的减免，而对于排气量大、高耗能的汽车应加重车船税税额，从而促进节能型汽车的推广。

　　在现有的税收制度基础上，应开征一系列新的保护环境的绿色税种。比如开征污染空气税、水资源保护税、垃圾税等，从而减轻人类活动对于环境造成的巨大破坏，以水资源的使用量以及重复利用率进行衡量，以税收形式监督居民、企业对于不同用途下水资源的使用行为，从而降低水资源的浪费率并增加重复利用率。

　　实行规范化、严格化、科学化的环境税征收管理。首先，对于高污染排放量的资源界定应更加明确，并且提高相应的税率，加大收费力度，从而对该行业的发展起到震慑作用。其次，完善对于各类可持续与不可持续利用资源的归纳整理，从而完善资源征税体系，使得各类资源可以在绿色税收制度下得到保护，从而保证减少对于稀缺资源的浪费与过度开采。